Xан Хубилай (23.09.1215-18.02.1294), внук Чингисхана (1155-1227) и основатель монгольского государства Юань (основной частью территории которого был Китай), предпринял множество попыток подчинить Японию.
В 1266-ом году хан Хубилай отправляет в Японию первое официальное послание с требованием подчинения. Посланники вернулись в Китай без ответа.
В 1268 году монгольские послы вновь обратились к официальному регенту клана Камакура, фактическому правителю Японии того времени, сиккэнуХодзёТокимунэ (北条時宗, 5.06.1251-20.04.1284), но снова без ответа были отправлены обратно.
Несмотря на то, что Императорский двор Японии предлагал заключить компромисс с монголо-китайско-корейской империей хана Хубилая, сиккэнТокимунэ не отвечал на требования монголов, передаваемых через корейских посланников и непосредственно монгольскими послами в мае и марте 1269 года, в сентябре 1271 года, в мае 1272 года. Кроме того, Токимунэ каждый раз отказывал им в праве высадки на территории Кюсю.

После того, как японцы неоднократно отвергли ультиматумы хана Хубилая (1268 г), тот намеревался сразу же начать военные действия, однако у его империи не было флота для завоеваний с моря. Флот начали отстраивать на юго-восточных берегах Кореи, облагаемой данью. Влияние на Корею оказывалось и благодаря тому, что корейский принц женился на дочери хана Хубилая.
Первое монгольское вторжение произошло в октябре 1274-ого года; около 15000 монгольских и 8000 корейских воинов на 300 больших и 400 мелких суднах приблизились к берегам Японии и захватили острова Цусима и Ики.
19 ноября монголы зашли в порт Хаката (остров Кюсю). В тот же день произошло сражение, показавшее, что японцы сильны только в ближнем бою, один на один. Они не могли справиться с монгольской армией, в арсенале которой были короткие луки, отравленные и взрывающиеся стрелы. Японцам требовалось подкрепление.
Вечером того же дня начался сильный ветер. Армия монголов, чтобы не быть окруженной и захваченной японцами, погрузилась на свои корабли. Во время поднявшегося тайфуна было потеряно около 200 монгольских кораблей.
Японцы на своих маневренных лодках приближались и захватывали монгольские корабли под покровом ночи, жестоко убивая всех. Монголы были, в основном, конными лучниками и не могли оказать должного сопротивления. Погиб главнокомандующий монгольского флота, оставшимся кораблям пришлось отступить.
Существует легенда, о том, что регент (сиккэн) ХодзёТокимунэ, многократно отсылавший монгольских посланников без ответа, во время этого нашествия обратился к буддийскому мастеру УсюэЦзуюань (無学祖元, японское имя - Мугаку Согэн, 1226 - 22.09.1286) , с вопросом «Как мне преодолеть свой страх?». Мастер ответил, что нужно медитировать и искать источник страха внутри себя. После медитации Токимунэ воскликнул, что "это величайшее достижение моей жизни! Побороть страх можно только победой!"
После первого монгольского вторжения японцы изменили форму мечей, т.к. длинные тонкие мечи застревали в кожаных доспехах монгольских воинов. Началось строительство укреплений и подготовка к обороне страны.

После первого вторжения монголов (1274), японцы начали подготовку к обороне. На берегах возводили укрепления и каменные заградительные стены, например, была построена стена высотой 2 метра в бухте Хаката (1276); за береговой линией следили самураи.
Хан Хубилай продолжал высылать в Японию миссии с требованием подчиниться. В 1275 году в Японию была отправлена группа из пяти человек, которым приказали не возвращаться без ответа. Регент Токимунэ отправил посланцев в Камакура, где им отрубили головы. Могилы этих людей по сей день находятся в храме Дзё:рю:-дзи (常立寺), г. Фудзисава, префектура Камакура. В 1279 году Хубилай вновь отправляет группу из пяти посланцев, которых казнят в Хаката (префектура Фукуока).
Второе нашествие началось весной 1281. К Японии выдвинулись сразу два флота - из Кореи вышло 900 судов, на которых находилась армия в 40000 человек, а из Китая было отправлено более 3000 кораблей сo 100 000 солдат.
Монголы захватили острова Цусима и Ики, двигались к острову Кюсю, но монгольская армия начала испытывать проблемы с продовольствием и координированием такого большого количества кораблей.
Корейская часть флота прибыла в бухту Хаката 21 июня 1281 года и начала вторжение без поддержки китайской армии. Японские самураи отразили нападение.
Ночью мелкие японские лодки в бухте Хаката приближались к монгольским судам, и убивали солдат, в связи с чем монголы были вынуждены отступить и ждать поддержки большого флота.
В начале августа 1281 года два флота объединились и были готовы возобновить нападение на японскую территорию. Однако 15 августа в Цусимском проливе разразился тайфун, который японцы назвали 神風 камикадзэ, «божественный ветер», он длился в течение двух дней и уничтожил 80% монгольской армии. Хан Хубилай планировал попытки подчинить Японию в 1284, однако восстания в империи отвлекли его внимание.
В конце 14-го века, во время правления последнего императора монгольской империи Юань, Тогон-Тэмур (25.05.1320 — 23.05.1370), Монголия и японский сёгунат заключили мир.