Первым католическим миссионером в Японии стал представитель семьи испанских аристократов, иезуит Святой Франциск Ксаверий (1506-1552), который прибыл в Японию в 1549 году и провел там почти три года. Он оставил впечатление харизматичной и неординарной личности.
Ода Нобунага (1534-1582), военно-политический лидер, управлявший Японией на стыке исторических периодов Сэнгоку (1467-1590) и Адзути-Момояма (1573-1603) (единой точки зрения относительно датировок эпох Сэнгоку и Адзути-Момояма нет), поддерживал христианство, активно сотрудничал с португальскими торговцами, пользовался уважением и доверием японских христиан. К концу 16-го века в Японии насчитывалось несколько сотен тысяч католиков.
Однако следующий правитель Японии, Тоётоми Хидэёси (1537-1598), продолживший дело объединения страны, в 1587 году начал гонения на католиков. Был принят указ об изгнании миссионеров, согласно которому христианские миссионеры должны были покинуть страну в течение 20 дней. В 1596 году группа христиан, состоявшая из 26-ти священников-францисканцев и японцев, была арестованы за нарушение приказа о запрете миссионерства. Они были подвергнуты пыткам и ряспяты на крестах в г. Нагасаки (1597).
Поскольку европейские миссионеры традиционно поддерживали политику колонизации, принято считать, что изгнание миссионеров и преследование католиков было попыткой ТоётомиХидэёси предотвратить экспансию европейских государств.
В период Эдо (1603-1867), когда к власти пришел Токугава Иэясу (1543-1616), основатель сёгуната Токугава, была введена так называемая Тэраукэсэйдо (寺請制度), система прикрепления населения к храмам.
Каждый человек был прикреплен к храму по месту жительства. Храмы выдавали своим прихожанам свидетельства о том, что те не являются христианами и не состоят в запрещенных сектах. Свидетельства нужно было предъявлять при смене места жительства, устройстве на работу и т.д. В некоторых случаях японцам нужно было доказать свою непричастность христианству с помощью так называемой фуми-э (踏み絵, «картина, на которую наступают»), церемонии топтания христианских религиозных символов – изображений Иисуса Христа и Девы Марии.
После подавления восстания крестьян-католиков в княжестве Симабара (1637-1638), в Японии было окончательно запрещено исповедовать христианство, началась политика самоизоляции. Сёгунат закрыл страну для иностранцев, были высланы все испанцы и португальцы; период изоляции, так называемый Сакокудзидай (鎖国時代) длился с 1639 по 1854 гг.